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<p>Materia: Temas de Biofotónica<br>

Docente: Santiago Costantino, U. Montreal<br>

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El curso se desarrollará del 6 al 24 de agosto de 9 a 11 hrs y se ha solicitado 1,5 puntos de posgrado<br>

(hay un par de dias que es optativo segun la carrera de grado que tengan)<br>

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Web: <a href="http://materias.df.uba.ar/biofotoa2018c2/" target="_blank">http://materias.df.uba.ar/biofotoa2018c2/</a><br>

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Formulario de Preinscripción: <a href="https://goo.gl/forms/gfekMIEBsEAAvjnA2" target="_blank">https://goo.gl/forms/gfekMIEBsEAAvjnA2</a><br>

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Para consultas o dudas, escribir a: <a href="mailto:hgrecco@df.uba.ar">hgrecco@df.uba.ar</a><br>

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La cuantificación para describir los procesos biológicos es esencial en la investigación biomédica y requiere habilidades altamente especializadas. En particular, la microscopía cuantitativa, que proporciona una visión precisa de fenómenos celulares, se ha convertido en una pieza clave de la investigación en biología molecular y celular.<br>

Sin embargo, varias de las herramientas informáticas que se utilizan con frecuencia (Imaris, MetaMorph, etc) para interpretar imágenes celulares son cajas negras de software para usuarios legos en informática y tratamiento de imágenes, lo que obstaculiza e incluso a veces invalida conclusiones importantes.<br>

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El objetivo de esta parte del curso es proporcionar una introducción al análisis y cuantificación de imágenes. Los estudiantes aprenderán cómo crear su propio software de análisis de imágenes automatizado con énfasis en imágenes celulares. Los ejemplos se basarán principalmente en la microscopía de fluorescencia de células y tejidos, pero también se ilustrará su uso en otros tipos de imágenes. El contenido del curso se centra en aplicaciones concretas y experiencia práctica, y no en la base matemática del análisis de imágenes. El curso estará basado en las herramientas disponibles en Matlab o su alternativa de código abierto, Octave.<br>

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Los ejemplos típicos que abordaremos tienen que ver con la cuantificación de señales de fluorescencia, tanto a partir de proteínas de fusión como inmunofluorescencia. La caracterización del tamaño de las células y sus organelas, focos de daño al dna, adhesiones focales, migración celular, etc. La idea es ser capaz de programar las herramientas de análisis que permitan tratar cientos de imágenes de manera automática. Despedirse del mouse.<br>

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A modo ilustrativo nos concentraremos en<br>

1) Conceptos básicos de programación, manejo de variables, tipos de datos, estructuras, loops y manejo de archivos<br>

2) Representación digital de imágenes, leer, escribir y mostrar imágenes. Tipos de imágenes.<br>

3) Definición de máscaras, técnicas para establecer umbrales de intensidad, operaciones morfológicas.<br>

4) Segmentación cellular, filtros espaciales<br>

5) Manejo de variables temporales, single particle tracking<br>

6) Infinitos ejemplos de aplicaciones. Cómo reutilizar código de forma sensata.</p>

<div>Secretaría Académica</div>

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