[Todos] Curso Bioinformática en la ECI (Depto de Computación-Exactas )

[Irene Loiseau]

En el marco de la 22 Escuela de Ciencias Informáticas que se llevará a
cabo en el Depto. de Computaci'on del 28 de julio al 2 de agosto se
dictará el curso cuyos detalles van abajo.
Para informaci'on sobre inscripción, etc, ver
http://www.dc.uba.ar/eci
--------------------------------------------------------
Introducción a la bioinformática

Turno: 28 de julio al 1 de agosto de 14 a 17 hs.
Idioma: Castellano.
***
Requisitos:El curso está dirigido a informáticos que tengan conocimientos
básicos de algoritmos y que quieran conocer problemas computacionales
interesantes que se originan en biología.
También puede ser interesante para biólogos o profesionales de carreras
afines, que ya tengan alguna noción del tema o que hayan trabajado con
herramientas bioinformáticas y estén interesados en conocer lo que hay
detrás de las herramientas más usadas.
****
Objetivo: Familiarizar al alumno con los distintos problemas
computacionales que tienen su origen en biología molecular, así como
proporcionar las herramientas fundamentales para el análisis y diseño de
algoritmos para resolverlos.
******
Programa:

Introducción a la Biología Molecular (1.5 hrs.)
DNA y Proteínas
El dogma central de la biología
El código genético
Control de la expresión de genes

Búsqueda Exhaustiva (3 hrs.)
Mapas de restricción
Algoritmos para la construcción de mapas de restricción
Motivos reguladores en secuencias de ADN
Búsqueda de motivos

Algoritmos Voraces (3 hrs.)
Re-arreglo de genomas
Re-arreglo mediante permutaciones
Enfoque voraz para la búsqueda de motivos

Algoritmos en grafos (3 hrs.)
Secuenciación de ADN por hibridación
Ensamblado por Shotgun
Secuenciación de proteínas

Programación Dinámica (3 hrs.)
Alineamiento de pares de secuencias
Alineamiento múltiple de secuencias
Alineamiento clásico y probabilístico

Algunos desafíos en Genómica Estructural (2hrs.)
Plegamiento de proteínas
Interacción Proteína-Proteína
Predicción de funciones

BIBLIOGRAFÍA:

Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner. An Introduction to Bioinformatics
Algorithms. The MIT Press; 1 edition (August 1, 2004)
Michael S. Waterman. Introduction to Computational Biology: Maps,
sequences and genomes. Chapman & Hall/CRC c2000
Dan Gusfield. Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer
Science and Computational Biology. Cambrige University Press. c1999
Pavel Pevzner. Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach.
The MIT Press; 1st edition (August 21, 2000)
I. Eidhammer, I. Jonassen, and W. R. Taylor. Protein Bioinformatics: An
algorithmic approach to sequence and strcuture analysis. John Wiley &
Sons, 2004.
Profesor: Carlos Alberto Brizuela Rodríguez, CICESE, México
Creado por dacevedo


-- 
Irene Loiseau
Departamento de Computación
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
Universidad de Buenos Aires
Pabellón I- Ciudad Universitaria
1428 Buenos Aires - ARGENTINA
TE/FAX: 54 11 4576 3359
TE: 54 11 4576 3390/96 int 711
e-mail: irene en dc.uba.ar