[Todos] Curso de Posgrado en el Departamento de Física: Temas de Biofotónica (Santiago Costantino, U. Montreal)

[Secretaría Académica DF]

Materia: Temas de Biofotónica
Docente: Santiago Costantino, U. Montreal

El curso se desarrollará del 6 al 24 de agosto de 9 a 11 hrs y se ha  
solicitado 1,5 puntos de posgrado
(hay un par de dias que es optativo segun la carrera de grado que tengan)

Web: http://materias.df.uba.ar/biofotoa2018c2/

Formulario de Preinscripción: https://goo.gl/forms/gfekMIEBsEAAvjnA2

Para consultas o dudas, escribir a: hgrecco en df.uba.ar

La cuantificación para describir los procesos biológicos es esencial  
en la investigación biomédica y requiere habilidades altamente  
especializadas. En particular, la microscopía cuantitativa, que  
proporciona una visión precisa de fenómenos celulares, se ha  
convertido en una pieza clave de la investigación en biología  
molecular y celular.
Sin embargo, varias de las herramientas informáticas que se utilizan  
con frecuencia (Imaris, MetaMorph, etc) para interpretar imágenes  
celulares son cajas negras de software para usuarios legos en  
informática y tratamiento de imágenes, lo que obstaculiza e incluso a  
veces invalida conclusiones importantes.

El objetivo de esta parte del curso es proporcionar una introducción  
al análisis y cuantificación de imágenes. Los estudiantes aprenderán  
cómo crear su propio software de análisis de imágenes automatizado con  
énfasis en imágenes celulares. Los ejemplos se basarán principalmente  
en la microscopía de fluorescencia de células y tejidos, pero también  
se ilustrará su uso en otros tipos de imágenes. El contenido del curso  
se centra en aplicaciones concretas y experiencia práctica, y no en la  
base matemática del análisis de imágenes. El curso estará basado en  
las herramientas disponibles en Matlab o su alternativa de código  
abierto, Octave.

Los ejemplos típicos que abordaremos tienen que ver con la  
cuantificación de señales de fluorescencia, tanto a partir de  
proteínas de fusión como inmunofluorescencia. La caracterización del  
tamaño de las células y sus organelas, focos de daño al dna,  
adhesiones focales, migración celular, etc. La idea es ser capaz de  
programar las herramientas de análisis que permitan tratar cientos de  
imágenes de manera automática. Despedirse del mouse.

A modo ilustrativo nos concentraremos en
1) Conceptos básicos de programación, manejo de variables, tipos de  
datos, estructuras, loops y manejo de archivos
2) Representación digital de imágenes, leer, escribir y mostrar  
imágenes. Tipos de imágenes.
3) Definición de máscaras, técnicas para establecer umbrales de  
intensidad, operaciones morfológicas.
4) Segmentación cellular, filtros espaciales
5) Manejo de variables temporales, single particle tracking
6) Infinitos ejemplos de aplicaciones. Cómo reutilizar código de forma  
sensata.
  Secretaría Académica
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