[Todos] Coloquio - Agrupamiento de muestras para detectar SARS-CoV-2

[Coloquios DF-Exactas UBA]

Coloquio del Departamento de Física - Exactas - UBA
Jueves 2 de julio 2020 a las 14hs


*Agrupamiento de muestras (pooling) para detectar infección por SARS-CoV-2.
Una propuesta desde Rosario con colaboración desde Buenos Aires*

*Inés Armendáriz (Universidad de Buenos Aires, CONICET), *

*Alejandro Colaneri (CONICET, Universidad Nacional de Rosario), *

*Hugo G. Menzella (CONICET)  *

*Silvina Ponce Dawson (Universidad de Buenos Aires, CONICET)*

*Resumen*
El método de referencia por el que se identifica positivamente a las
personas infectadas por el SARS-CoV-2 es determinando la presencia del ARN
del virus en muestras tomadas de secreciones respiratorias usando RT-PCR
(reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa). Esta
metodología es de baja procesividad (menos de 100 resultados en 4 horas) y
precisa de varios reactivos importados, más difíciles de conseguir durante
la pandemia, lo que tiene un alto impacto sobre su costo. Es deseable
entonces reducir tanto el tiempo como los costos en reactivos sin
sacrificar la realización de pruebas confiables que son claves para decidir
el tratamiento médico y para tomar medidas de control de la epidemia. Una
estrategia que ayuda a aumentar la capacidad de procesamiento de muestras
reduciendo, a su vez, costos es realizar la prueba sobre una mezcla (pool)
de muchas muestras individuales. Por ejemplo, si la prueba es
suficientemente confiable y da un resultado negativo es posible concluir
que ninguna de las muestras mezcladas contenía el ARN del virus. En este
caso, con una sola prueba se obtiene información sobre la situación de
muchas personas a la vez. Si la prevalencia de personas infectadas sobre el
universo de analizadas es menor al 30%, trabajar con grupos permite
identificar a las personas infectadas con una cantidad reducida de pruebas.
En esta charla describiremos una propuesta para realizar este tipo de
análisis abordando tres aspectos: el de la RT-PCR y las formas de
implementarla que aumentan su sensibilidad; el estudio matemático de la
forma óptima de armar y desarmar las mezclas para minimizar el número de
pruebas por individuo; el análisis de las mejores estrategias cuando la
solución óptima es inviable por problemas técnicos; la descripción de una
implementación concreta de esta estrategia usando digital droplet PCR
presentada en la provincia de Santa Fe.

 *Esto es parte de una colaboración de la que también participan Pablo
Aguilar (UNSAM, CONICET), Sergio Chialina (STEM), Pablo Ferrari (UBA,
CONICET), Daniel Fraiman Borrazas (UdeSA, CONICET) y Juliana Sesma (CONICET)

Hay dos maneras de asistir:
-1- via YouTube sin necesidad de registro: https://youtu.be/Z4ZHRJu_kmg
-2- via Zoom meeting ID 930 9296 3327
--  es necesario registro previo acá
<https://exactas-uba.zoom.us/meeting/register/tJctfuuhqDgpGNMBWV6nKu39XoL5cb77wjpS>
-- si ya te registraste, te mandaremos el link en una re-confirmación el
jueves por la mañana
------------ próxima parte ------------
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