[Divs DF] [Voluntariado] dos tutoriales sobre videos que se pueden usar en clase # 2

Vie Mayo 18 12:24:04 ART 2012

Hola a todos,
la clase de este sabado no tiene todos los tutoriales super terminados!
Y no tuvimos tiempo de mejorarlos. Perdon! Espero que podamos
arreglarnos (como hicimos en el curso anterior) con lo que tenemos.

La idea es primero filmar algo, subirlo a la compu, hablar de "frame
rate" para saber cual es el tiempo que transcurre entre dos imagenes
consecutivas, separar el video en imagenes (usando el tutorial
"Filmando experimentos" en donde se usa el Avidemux para esto; cabe
aclarar que no es el unico modo de hacerlo, el ImageJ que recomendamos
bajar a las netbooks tambien permite hacerlo, a menos en la version
para mac que use yo, yo escribi un mini tutorial sobre esta
posibilidad!, esta dentro de lo ultimo que mando guillermo). Despues
venia la idea de usar el tracker para seguir algun objeto. Ahi se
presentan distintas alternativas. Se que en el ultimo curso hubo gente
del lado "bio" que se quejo porque no le encontraba aplicacion. Para
la gente de fisica y matematica esta el video de tiro oblicuo
video02tif.avi disponible en nuestra pagina (por las dudas, traiganlo
en un pen drive). Tambien hay varios otros videos en el paquete
tracker. No solo para los bio hay varias alternativas para esta clase:
para los fis/mate tambien las hay! (tracker solo, tracker e imagej,
imagej solo, abajo hablo sobre esto). Abajo listo las distintas
opciones con algunas explicaciones. La primera opcion que doy para los
bio tambien puede ser de interes para fisica y matematica.

BIO
Se me ocurrieron dos posibilidades para los bio:
1. enseniar a hacer al reves: armar un video a partir de imagenes.
Para practicar, se pueden usar las imagenes en las que se separo algun
video (ya sea el de tiro oblicuo u otro mas interesante, ver punto 2
para videos mas interesantes). Para armar un video a partir de
imagenes arme 2 tutoriales posibles: uno que propone usar un programa
muy sencillo que se llama PhotoLapse que esta para windows nada mas.
Yo lo baje de http://home.hccnet.nl/s.vd.palen/photolapsedlc.html
La otra posibilidad es hacerlo con el ImageJ. Tanto para el uso del
photolapse como para el del imageJ escribi algo ayer que es lo que les
mando Guillermo. Imprimiremos estos tutoriales para que los tengan
maniana.
2. Trabajar con el tracker sobre un video que les pueda interesar mas
a los bio que el de la pelotita haciendo tiro oblicuo (estos videos
mas interesantes se pueden usar tambien para separarlos en imagenes y
para despues volver a armar el video!). El asunto es que no encontre
un video que pudieran hacer ellos, sino videos que se hacen en
laboratorios mirando cosas chiquitas. Baje 3 videos en donde se
muestran bacterias e-coli "nadando". Los baje de la pagina:
http://www.rowland.harvard.edu/labs/bacteria/index_movies.html
Los links directos son (podemos poner estos links en la pagina nuestra!):
http://www.rowland.harvard.edu/labs/bacteria/showmovie.php?mov=swimming_ecoli
http://www.rowland.harvard.edu/labs/bacteria/showmovie.php?mov=tetrazolium_red
http://www.rowland.harvard.edu/labs/bacteria/showmovie.php?mov=laser_trap
 Mando adjunta una explicacion de los videos y de que podria ser interesante.

FIS/MATE
Aca tambien hay varias opciones. La del anio pasado era usar el ImageJ
para seguir la pelotita del tiro oblicuo y extraer a mano la posicion
de su centro a lo largo de un subconjunto de frames. El anio pasado
nosotros les dimos la secuencia de un subconjunto de frames, porque si
les dabamos todos no terminaban mas. Eso (lo de quedarse con un
subconjunto de frames del video) se puede hacer muy facil combinando
Avidemux y PhotoLapse (o ImageJ y PhotoLapse). Tal vez hay una opcion
usando solo ImageJ pero no lo explore! La idea seria separar el video
en sus frames consecutivos y despues, usando el PhotoLapse, armar un
nuevo video con menos frames (el PhotoLapse da la opcion de elegir un
subconjunto de imagenes para armar el video, ver tutorial). Despues se
puede importar directamente el video menos pesado en el ImageJ y
trabajar con el tutorial del anio pasado. A mi lo que no me gusta de
este procedimiento es que sacar el centro de la pelotita a mano frame
por frame es hipertedioso y no me parece que aporte demasiado. Creo
que ahi conviene usar el tracker. Claro que el tracker te permite
automatizar un monton de cosas. Aparecen entonces las opciones: usar
el tracker solo para extraer el centro de la pelotita en pixels,
generar esa tabla de datos y despues ver como transformar de pixels a
una posicion medida en cm o lo que sea en algun sistema de coordenadas
y modificar la tabla de datos en el openoffice o el excel de acuerdo a
esto. Yo habia escrito un tutorial corto de tracker en donde no se
pasaba de pixels a cm, pero era usando la ultima version (la que se
baja del sitio del tracker: nosotros les recomendamos a los profes que
usaran la que tenemos en nuestra pagina).  La otra posibilidad es usar
las herramientas de calibracion que brinda el tracker antes de seguir
a la pelotita para extraer directamente la tabla en centimetros. Hay
una guia de 13 puntos o algo asi en nuestra pagina sobre los pasos a
seguir para lograr esto. Esta guia esta armada en funcion de los
desplegables de la version de tracker que tenemos en nuestra pagina.
Recuerden que para que esta version corra es necesario instalar aparte
el quicktime y el java. Finalmente, es posible hacer lo que hicieron
algunos la vez pasada: usar el tracker y usar el imagej y despues
comparar.

Bueno, creo que esto es todo! Fijense como quieren avanzar con cada
uno de sus grupos. Cada uno de ustedes vera que es lo mas conveniente.

Saludos y hasta maniana
silvina

de posicion vs tiempo.
2012/5/18 Guillermo Mattei <gmattei en df.uba.ar>:
>
> Hola,
> arme dos tutoriales que se pueden usar este sabado. Uno es que con un
> programa que encontre hoy, que es muy sencillo. El otro, es con
> imagej. Mi idea es mostrar como, ademas de separar un video en
> imagenes es posible hacer lo inverso, armar un video a partir de
> imagenes. Por otro lado, con el de imagej les digo algo para mejorar
> el contraste que se puede usar como paso previo a lo del tracker.
> Algo interesante del imagej es que tiene links a imágenes y videos de
> investigacion en biologia. saludos
> silvina
>
> --
> Silvina Ponce Dawson
> Depto Fisica e IFIBA (CONICET)
> FCEN-UBA
> Ciudad Universitaria, Pab I
> (1428) Buenos Aires, Argentina
> Phone: (5411) 4576 3353
> Fax: (5411) 4576 3357
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> Voluntariado en df.uba.ar
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-- 
Silvina Ponce Dawson
Depto Fisica e IFIBA-CONICET
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Nombre     : videos_e_coli_explicacion
Tipo       : application/octet-stream
Tamaño     : 2133 bytes
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