[Divs DF] [Voluntariado] dos tutoriales sobre videos que se pueden usar en clase # 2

Vie Mayo 18 14:51:39 ART 2012

Hola de nuevo,
Estoy tratando de ordenar el tema tracker que esta bastante
desordenado con multiplicidad de tutoriales y referencias a dos
versiones del software que muestran desplegables distintos. Para que
la cosa no diverja, me parece que conviene trabajar con la version del
software que tenemos en nuestra pagina, dentro del paquete TRACKER,
(sobre la que estan escritos los tutoriales mas largos) para lo que
hay que instalar java y quicktime aparte (yo tengo algunas cosas en un
pendrive).
Por lo tanto, no usamos el tutorial al que apunta el link Tutorial
Tracker de nuestra pagina (y que le pedi a Guillermo que pasara a
llamarlo algo asi como Uso sencillo con la ultima version de Tracker o
algo asi)  si  no que conviene usar los tutoriales a los que apuntan
los siguientes titulos:
--Mini instrucciones Tracker (si queremos sacar datos en pixels en
lugar de cm, no hacer la calibracion que se describe ahi)
--Manual rápido Tracker
Es conveniente tambien bajar el Paquete Tracker (y tenerlo en
pendrives) porque alli esta el software (no el quicktime ni el java) y
hay varios videos que pueden venir bien para analizar (para quienes lo
deseen).
Bueno, perdon por este lio de ultimo momento!
saludos
silvina


2012/5/18 Silvina Ponce Dawson <silvina en df.uba.ar>:
> Hola a todos,
> la clase de este sabado no tiene todos los tutoriales super terminados!
> Y no tuvimos tiempo de mejorarlos. Perdon! Espero que podamos
> arreglarnos (como hicimos en el curso anterior) con lo que tenemos.
>
> La idea es primero filmar algo, subirlo a la compu, hablar de "frame
> rate" para saber cual es el tiempo que transcurre entre dos imagenes
> consecutivas, separar el video en imagenes (usando el tutorial
> "Filmando experimentos" en donde se usa el Avidemux para esto; cabe
> aclarar que no es el unico modo de hacerlo, el ImageJ que recomendamos
> bajar a las netbooks tambien permite hacerlo, a menos en la version
> para mac que use yo, yo escribi un mini tutorial sobre esta
> posibilidad!, esta dentro de lo ultimo que mando guillermo). Despues
> venia la idea de usar el tracker para seguir algun objeto. Ahi se
> presentan distintas alternativas. Se que en el ultimo curso hubo gente
> del lado "bio" que se quejo porque no le encontraba aplicacion. Para
> la gente de fisica y matematica esta el video de tiro oblicuo
> video02tif.avi disponible en nuestra pagina (por las dudas, traiganlo
> en un pen drive). Tambien hay varios otros videos en el paquete
> tracker. No solo para los bio hay varias alternativas para esta clase:
> para los fis/mate tambien las hay! (tracker solo, tracker e imagej,
> imagej solo, abajo hablo sobre esto). Abajo listo las distintas
> opciones con algunas explicaciones. La primera opcion que doy para los
> bio tambien puede ser de interes para fisica y matematica.
>
> BIO
> Se me ocurrieron dos posibilidades para los bio:
> 1. enseniar a hacer al reves: armar un video a partir de imagenes.
> Para practicar, se pueden usar las imagenes en las que se separo algun
> video (ya sea el de tiro oblicuo u otro mas interesante, ver punto 2
> para videos mas interesantes). Para armar un video a partir de
> imagenes arme 2 tutoriales posibles: uno que propone usar un programa
> muy sencillo que se llama PhotoLapse que esta para windows nada mas.
> Yo lo baje de http://home.hccnet.nl/s.vd.palen/photolapsedlc.html
> La otra posibilidad es hacerlo con el ImageJ. Tanto para el uso del
> photolapse como para el del imageJ escribi algo ayer que es lo que les
> mando Guillermo. Imprimiremos estos tutoriales para que los tengan
> maniana.
> 2. Trabajar con el tracker sobre un video que les pueda interesar mas
> a los bio que el de la pelotita haciendo tiro oblicuo (estos videos
> mas interesantes se pueden usar tambien para separarlos en imagenes y
> para despues volver a armar el video!). El asunto es que no encontre
> un video que pudieran hacer ellos, sino videos que se hacen en
> laboratorios mirando cosas chiquitas. Baje 3 videos en donde se
> muestran bacterias e-coli "nadando". Los baje de la pagina:
> http://www.rowland.harvard.edu/labs/bacteria/index_movies.html
> Los links directos son (podemos poner estos links en la pagina nuestra!):
> http://www.rowland.harvard.edu/labs/bacteria/showmovie.php?mov=swimming_ecoli
> http://www.rowland.harvard.edu/labs/bacteria/showmovie.php?mov=tetrazolium_red
> http://www.rowland.harvard.edu/labs/bacteria/showmovie.php?mov=laser_trap
>  Mando adjunta una explicacion de los videos y de que podria ser interesante.
>
> FIS/MATE
> Aca tambien hay varias opciones. La del anio pasado era usar el ImageJ
> para seguir la pelotita del tiro oblicuo y extraer a mano la posicion
> de su centro a lo largo de un subconjunto de frames. El anio pasado
> nosotros les dimos la secuencia de un subconjunto de frames, porque si
> les dabamos todos no terminaban mas. Eso (lo de quedarse con un
> subconjunto de frames del video) se puede hacer muy facil combinando
> Avidemux y PhotoLapse (o ImageJ y PhotoLapse). Tal vez hay una opcion
> usando solo ImageJ pero no lo explore! La idea seria separar el video
> en sus frames consecutivos y despues, usando el PhotoLapse, armar un
> nuevo video con menos frames (el PhotoLapse da la opcion de elegir un
> subconjunto de imagenes para armar el video, ver tutorial). Despues se
> puede importar directamente el video menos pesado en el ImageJ y
> trabajar con el tutorial del anio pasado. A mi lo que no me gusta de
> este procedimiento es que sacar el centro de la pelotita a mano frame
> por frame es hipertedioso y no me parece que aporte demasiado. Creo
> que ahi conviene usar el tracker. Claro que el tracker te permite
> automatizar un monton de cosas. Aparecen entonces las opciones: usar
> el tracker solo para extraer el centro de la pelotita en pixels,
> generar esa tabla de datos y despues ver como transformar de pixels a
> una posicion medida en cm o lo que sea en algun sistema de coordenadas
> y modificar la tabla de datos en el openoffice o el excel de acuerdo a
> esto. Yo habia escrito un tutorial corto de tracker en donde no se
> pasaba de pixels a cm, pero era usando la ultima version (la que se
> baja del sitio del tracker: nosotros les recomendamos a los profes que
> usaran la que tenemos en nuestra pagina).  La otra posibilidad es usar
> las herramientas de calibracion que brinda el tracker antes de seguir
> a la pelotita para extraer directamente la tabla en centimetros. Hay
> una guia de 13 puntos o algo asi en nuestra pagina sobre los pasos a
> seguir para lograr esto. Esta guia esta armada en funcion de los
> desplegables de la version de tracker que tenemos en nuestra pagina.
> Recuerden que para que esta version corra es necesario instalar aparte
> el quicktime y el java. Finalmente, es posible hacer lo que hicieron
> algunos la vez pasada: usar el tracker y usar el imagej y despues
> comparar.
>
> Bueno, creo que esto es todo! Fijense como quieren avanzar con cada
> uno de sus grupos. Cada uno de ustedes vera que es lo mas conveniente.
>
> Saludos y hasta maniana
> silvina
>
> de posicion vs tiempo.
> 2012/5/18 Guillermo Mattei <gmattei en df.uba.ar>:
>>
>> Hola,
>> arme dos tutoriales que se pueden usar este sabado. Uno es que con un
>> programa que encontre hoy, que es muy sencillo. El otro, es con
>> imagej. Mi idea es mostrar como, ademas de separar un video en
>> imagenes es posible hacer lo inverso, armar un video a partir de
>> imagenes. Por otro lado, con el de imagej les digo algo para mejorar
>> el contraste que se puede usar como paso previo a lo del tracker.
>> Algo interesante del imagej es que tiene links a imágenes y videos de
>> investigacion en biologia. saludos
>> silvina
>>
>> --
>> Silvina Ponce Dawson
>> Depto Fisica e IFIBA (CONICET)
>> FCEN-UBA
>> Ciudad Universitaria, Pab I
>> (1428) Buenos Aires, Argentina
>> Phone: (5411) 4576 3353
>> Fax: (5411) 4576 3357
>> _______________________________________________
>> Voluntariado mailing list
>> Voluntariado en df.uba.ar
>> http://df.uba.ar/mailman/listinfo/voluntariado
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> Silvina Ponce Dawson
> Depto Fisica e IFIBA-CONICET
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Silvina Ponce Dawson
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