[Todos] Seminario Especial: High Performance Computing for Biomolecular Simulations

[Adrián Turjanski]

High Performance Computing for Biomolecular Simulations
23 de octubre  14hs Pabellón 1 Aula 5  Ciudad Universitaria

14 a 14:45 Ross Walker.

Ross C. Walker
PhD, Associate Professor
San Diego Supercomputer Center & Department of Chemistry and Biochemistry
Universidad de California San Diego

Molecular Dynamics and the GPU Revolution: Sampling for the 99%

 La charla se enfoca en el impacto que las GPUs han tenido en las
simulaciones de Dinámica Molecular. En particular, resalta la gran mejora
de performance que las GPUs ha proporcionado a las simulaciones de
Dinámica Molecular con AMBER. Computadoras de escritorio con GPUs 
basadas en NVIDIA Kepler pueden proveer tasas de simulación (para
simulaciones de 25.000 átomos) superiores a los 100ns/día por GPU.
Empleando diferentes técnicas para efectuar  mayores pasos temporales y
restringir los grados de libertad, la performance puede exceder los
microsegundos por día. Al mismo tiempo, diferentes enfoques para acelerar
la convergencia  permiten usar cientos de GPUs en paralelo.

 15 15:20 Demian Slobinsky

Dinámica Molecular en FPGA

 Demian Slobinsky
 Doctor en física experimental, Universidad de St. Andrews
 Bife Supercomputing S.A.

 La Dinámica Molecular y sus métodos han probado ser las herramientas más
eficientes para el modelado computacional de moléculas. En la actualidad
la tecnología estándar utilizada para
 cálculo nos permite desarrollar rutinariamente modelado de proteínas en
la escala de los cientos de nanosegundos. Sin embargo, nos encontramos en
el límite donde el poder computacional ofrecido por distintas plataformas
de cálculo comienza a permitir soñar con hacer estudios de la evolución
de proteínas en escalas de gran relevancia biológica, como es el
milisegundo. En esta charla vamos a mostrar los avances realizados en
esta dirección por la empresa argentina Bife Supercomputing donde se está
desarrollando una plataforma de cálculo específica para el modelado de
Dinámica Molecular basada en tecnología de lógica reconfigurable FPGA.

Invita: BIA: La plataforma Bioinformática Argentina