[Todos] [Todos QI] Seminario Especial: High Performance Computing for Biomolecular Simulations

[Adrian Turjanski]

2013/10/22 Adrián Turjanski <adrian en qi.fcen.uba.ar>

> High Performance Computing for Biomolecular Simulations
> 23 de octubre  14hs Pabellón 1 Aula 5  Ciudad Universitaria
>
> 14 a 14:45 Ross Walker.
>
> Ross C. Walker
> PhD, Associate Professor
> San Diego Supercomputer Center & Department of Chemistry and Biochemistry
> Universidad de California San Diego
>
> Molecular Dynamics and the GPU Revolution: Sampling for the 99%
>
>  La charla se enfoca en el impacto que las GPUs han tenido en las
> simulaciones de Dinámica Molecular. En particular, resalta la gran mejora
> de performance que las GPUs ha proporcionado a las simulaciones de
> Dinámica Molecular con AMBER. Computadoras de escritorio con GPUs
> basadas en NVIDIA Kepler pueden proveer tasas de simulación (para
> simulaciones de 25.000 átomos) superiores a los 100ns/día por GPU.
> Empleando diferentes técnicas para efectuar  mayores pasos temporales y
> restringir los grados de libertad, la performance puede exceder los
> microsegundos por día. Al mismo tiempo, diferentes enfoques para acelerar
> la convergencia  permiten usar cientos de GPUs en paralelo.
>
>  15 15:20 Demian Slobinsky
>
> Dinámica Molecular en FPGA
>
>  Demian Slobinsky
>  Doctor en física experimental, Universidad de St. Andrews
>  Bife Supercomputing S.A.
>
>  La Dinámica Molecular y sus métodos han probado ser las herramientas más
> eficientes para el modelado computacional de moléculas. En la actualidad
> la tecnología estándar utilizada para
>  cálculo nos permite desarrollar rutinariamente modelado de proteínas en
> la escala de los cientos de nanosegundos. Sin embargo, nos encontramos en
> el límite donde el poder computacional ofrecido por distintas plataformas
> de cálculo comienza a permitir soñar con hacer estudios de la evolución
> de proteínas en escalas de gran relevancia biológica, como es el
> milisegundo. En esta charla vamos a mostrar los avances realizados en
> esta dirección por la empresa argentina Bife Supercomputing donde se está
> desarrollando una plataforma de cálculo específica para el modelado de
> Dinámica Molecular basada en tecnología de lógica reconfigurable FPGA.
>
> Invita: BIA: La plataforma Bioinformática Argentina
>
>


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Adrian Turjanski
Profesor UBA, Investigador Conicet
Laboratorio de Bioinformatica Estructural
Departamento de Quimica Biologica, INQUIMAE-CONICET
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, UBA.
Te: 4576-3378 ext:123 Fax: 4576-3341
Cel: 1524551001
http://sbg.qb.fcen.uba.ar/portal/
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