[Todos] GPU y FPGA para bio-aplicaciones mañana (martes)!

[Esteban Mocskos]

High Performance Computing for Biomolecular Simulations

23 de octubre  14hs Pabellón 1 Aula 5  Ciudad Universitaria

Ross C. Walker (San Diego Supercomputer Center & Department of Chemistry
and Biochemistry / Universidad de California San Diego) y Demian
Slobinsky (Bife Supercomputing S.A.)

Agenda
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14:00 a 14:45 Ross C. Walker (PhD, Associate Professor)

Molecular Dynamics and the GPU Revolution: Sampling for the 99%

La charla se enfoca en el impacto que las GPUs han tenido en las
simulaciones de Dinámica Molecular. En particular, resalta la gran
mejora de performance que las GPUs ha proporcionado a las simulaciones
de Dinámica Molecular con AMBER. Computadoras de escritorio con GPUs
basadas en NVIDIA Kepler pueden proveer tasas de simulación (para
simulaciones de 25.000 átomos) superiores a los 100ns/día por GPU.
Empleando diferentes técnicas para efectuar  mayores pasos temporales y
restringir los grados de libertad, la performance puede exceder los
microsegundos por día. Al mismo tiempo, diferentes enfoques para
acelerar la convergencia  permiten usar cientos de GPUs en paralelo.

15 15:20 Demian Slobinsky

Dinámica Molecular en FPGA

Demian Slobinsky (Doctor en física experimental)

La Dinámica Molecular y sus métodos han probado ser las herramientas más
eficientes para el modelado computacional de moléculas. En la actualidad
la tecnología estándar utilizada para cálculo nos permite desarrollar
rutinariamente modelado de proteínas en la escala de los cientos de
nanosegundos. Sin embargo, nos encontramos en el límite donde el poder
computacional ofrecido por distintas plataformas de cálculo comienza a
permitir soñar con hacer estudios de la evolución de proteínas en
escalas de gran relevancia biológica, como es el milisegundo. En esta
charla vamos a mostrar los avances realizados en esta dirección por la
empresa argentina Bife Supercomputing donde se está desarrollando una
plataforma de cálculo específica para el modelado de Dinámica Molecular
basada en tecnología de lógica reconfigurable FPGA.